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Sinopse: Continuação de .hack//Sign.

Em 2015, o banco de arquivos da Corporação CC pegou fogo, destruindo o "The World". Juntando dados do que seria um outro projeto, a Corporação conseguiu reconstruir o jogo. Em 2016, o "The World R:2" Foi lançado. .hack//ROOTS mostra a história de Haseo, com Shino e Ovan, que juntos formam A Brigada do Crepúsculo, que acontece antes do jogo .hack//G.U. para PS2.